NCBR zajmie się finansowaniem oraz realizowaniem dużych, strategicznych programów badań naukowych i prac rozwojowych, których wartość przekroczy 100 mln zł. Jego działalność zostanie dofinansowana z Programu Operacyjnego „Innowacyjna Gospodarka" 2007-2013.

Jednostki naukowe, uczestniczące w programach realizowanych przez NCBR, będą musiały uzgadniać ze sobą plany rozbudowy infrastruktury badawczej i rozwoju kadr. co ma doprowadzić do konsolidacji programowej: instytutów Polskiej Akademii Nauk, jednostek badawczo-rozwojowych i zespołów uczelnianych. Dzięki temu powstaną duże zespoły badawcze i poprawi się konkurencyjność polskiej nauki. Powstanie NCBR stworzy także możliwości rozwoju kadry dobrze przygotowanej do profesjonalnego zarządzania przedsięwzięciami w sferze badawczo-rozwojowej.

NCBR ma realizować programy, które będą mogły być wykorzystane w gospodarce, kulturze, ochronie zdrowia i administracji państwowej. Ma także wspierać transfer wyników badań naukowych i prac rozwojowych do gospodarki. Za zgodą ministra nauki będzie realizować programy badań naukowych i prac rozwojowych finansowane przez inne podmioty, w tym partnerów gospodarczych. Wesprze udział młodych naukowców w programach badawczych i międzynarodowych programach wymiany naukowców. Działalność NCBR przyczyni się do likwidacji barier uniemożliwiających efektywne wykorzystanie osiągnięć polskiej nauki.

Pracami NCBR kierować będzie dyrektor wyłaniany w konkursie przeprowadzanym przez Radę Centrum. Jego kadencja po 5 latach będzie mogła być przedłużona na kolejne 5 lat. Rada będzie ciałem opiniodawczym. Wejdą do niej m.in. przedstawiciele nauki, gospodarki i administracji publicznej. Jej kadencja będzie trwała 4 lata.